Introducció

La unitat de Bioinformàtica de l’IJC ofereix anàlisis computacionals d’alta qualitat per a investigadors, tan interns com externs, cobrint tots els aspectes del projecte relacionats amb el processament de dades clíniques o biològiques. Els serveis inclouen el disseny experimental i l’anàlisi de dades per experiments de microarray, seqüenciació de nova generació, consultoria estadística, integració de dades, interpretació i presentació, desenvolupament de software i tractament de dades. La Unitat de Bioinformàtica treballa estretament amb la Unitat de Genòmica i la Unitat de Single Cell.

Serveis

• Anàlisi de dades bioinformàtiques (veure a sota)

• Anàlisis presonalitzats i desenvolupament de software adaptat a l’usuari

• Visualització de dades (omics, infografies i visualitzacions de dades complexes)

• Gestió de dades (dades brutes, dades de projecte, repositoris de codi)

• Transferència de dades a, i des de, repositoris públics (GEO, SRA, EGA, ENA, etc.)

• Redactat de manuscrits (mètodes, resultats, etc.)

• Suport per a redacció de beques i projectes

• Seminaris i tallers sobre Bioinformàtica

• Supervisió d’estudiants i becaris

• Consultoria en tots els aspectes de la bioinformàtica (estadística, programació, fluxos de treball)

ANÀLISI DE DADES

Genòmica

• Genotipat i identificació de variants a partir de seqüenciació d’exoma complet (WES), seqüenciació de genoma complet (WGS), seqüenciació d’amplicons, seqüenciació de panells i microarrays de SNP.

Transcriptòmica

• Anàlisi d’expressió de RNA-seq (PolyA, RNA total) i miRNA, microarrays de RNA (inclòs predicció de diana)

• Anàlisi de processament alternatiu (splicing) i diversitat transcriptòmica a partir de RNA-seq.

• Identificació de variants (p. ex. edició de RNA) a partir de RNA-seq

• Detecció de fusions gèniques a partir de RNA-seq

Epigenòmica

• Anàlisi de metilació amb grups 5mC i 5hmC sobre ADN mitjançant microarray (EPIC, ratolí) o bé NGS: seqüenciació amb bisulfit de genoma complet (WGBS), seqüenciació de bisulfit de representació reduïda (RRBS), Methyl-seq.

• Anàlisi d’unió de cromatina i factors de transcripció per ChIP-seq, ATAC-sq, Cut&Run

Epitranscriptòmica

• Anàlisi d’unió RNA -Proteïna per CLIP-seq (predicció de motius i unions)

Single Cell Omics

• Anàlisi de Single cell per scRNAseq i scATAC-seq (10X Genomics)

• Determinació del perfil immunitari a partir de seqüenciació de BCR/TCR