Introducció

La Unitat de Bioinformàtica de l’IJC proporciona serveis d’anàlisi computacional d’alta qualitat, tant a investigadors interns com externs, que cobreixen tots els aspectes de recerca relacionats amb dades clíniques i biològiques. Això inclou el disseny d’experiments, l’anàlisi de dades de microarrays, la seqüenciació de nova generació (NGS, Next-Generation Sequencing), la consultoria estadística, la integració, la interpretació i la notificació de dades, així com el desenvolupament de programari i la gestió de dades.

Serveis

La unitat ofereix, a més, tallers de formació en diferents temes relacionats amb la bioinformàtica, com ara l’ús de l’entorn Linux, l’ús de recursos de supercomputació, el llenguatge de programació R, el treball amb contenidors, bones pràctiques, etc., a més de la supervisió d’estudiants.

Serveis generals:

• Anàlisi de dades, incloses la consultoria sobre disseny d’experiments i selecció del flux de treball i de les eines apropiades, les visualitzacions de dades i la generació d’informes
• Anàlisis personalitzades i desenvolupament de programari a mida
• Gestió de dades i transferència/enviament de grans volums de dades (GEO, SRA, EGA) des d’institucions públiques de conservació i cap a aquestes institucions
• Suport per a la redacció de propostes per a beques i projectes
• Supervisió d’estudiants, formació en bioinformàtica

Genòmica:

• Genotipatge i identificació de variants d’arrays de seqüenciació de l’exoma complet (WES), seqüenciació del genoma complet, WGS, seqüenciació d’amplicons i microarrays SNP
• Transcriptòmica
• Anàlisi d’expressió diferencial de seqüenciació d’ARN (RNA-Seq) (polyA, totalRNA) i micro-ARN, microarrays d’ARNm, predicció de dianes
• Anàlisi d’empalmaments alternatius mitjançant seqüenciació d’ARN
• Identificació de variants (per exemple, edició d’ARN) mitjançant seqüenciació d’ARN

Epigenòmica:

• Anàlisi de metilació d’ADN en 5mC i 5hmC mitjançant microarray (450K, EPIC, ratolí) o NGS (seqüenciació amb bisulfit del genoma complet – WGBS), seqüenciació amb bisulfit de representació reduïda – RRBS
• Anàlisi de cromatina mitjançant seqüenciació ChIP, seqüenciació de DNAsa, seqüenciació ATAC

Epitranscriptòmica:

• Anàlisi d’unió de proteïnes a ARN mitjançant seqüenciació CLIP (unió i predicció de motiu)