Introducció

La Unitat de Genòmica treballa en l’aplicació de tecnologies genòmiques i epigenòmiques d’alt rendiment per donar suport a la recerca biomèdica d’avantguarda.

Els nostres equips especialitzats proporcionen serveis genòmics tant a la comunitat de l'IJC com a clients externs.

Tenim una llarga experiència en la caracterització de perfils de metilació de l'ADN a tot el genoma mitjançant la tecnologia Illumina Infinium (Human MethylationEPIC v2.0 i Mouse Methylation BeadChips).

Oferim diferents nivells de servei depenent de les necessitats de l'usuari, incloent-hi disseny experimental, control de qualitat de mostres, processament i anàlisi bàsica de dades.

Serveis

1. APLICACIONS BASADES EN ARRAYS(Illumina)

Anàlisi de perfils de metilació de DNA

1) Infinium Methylation EPICv2 BeadChip. Permet interrogar més de 935.000 punts de metilació de forma quantificable sobre el genoma humà, amb resolució de nucleòtid. Proporciona una cobertura completa del genoma ja que els punts interrogats inclouen llocs CpG fora de les illes CpG, punts de metilació alternatius a CpG identificats en cèl·lules mare humanes (llocs CHH), llocs metilats diferencialment identificats en tumors vs. Normals, potenciadors FANTOM5, cromatina accessible ENCODE i potenciadors, llocs d’hipersensibilitat a DNasa i regions promotores de miRNA.

2) Infinium Mouse Methylation BeadChip. Interroga >285k punts de metilació per mostra amb resolució de nucleòtid. Proporciona una cobertura equilibrada de illes CpG, punts d’inici de traducció, potenciadors, loci imprintats i d’altres regions. L’assaig assoleix una reproductibilitat superior al 98% per rèpliques tècniques i mostra una gran correlació amb dades de seqüenciació bisulfit del genoma complet.

Anàlisi de genotipat de SNP i CNV (variacions en número de còpies)

La nostra unitat ofereix anàlisi del genotipat de genoma complet amb tots els arrays d’illumina disponibles actualment: Infinium Global Screening Array, Infinium Omni5-4 Beadchip, Infinium CytoSNP-850K BeadChip, Infinium Global Diversity Array-8 Kit, Infinium OmniExpress-24 BeadChip, etc.

Amb aquests arrays es pot analitzar ADN extret de teixit fresc, sang, PBMC (cèl·lules mononuclears de sang perifèrica), línies cel·lulars i saliva. També es poden analitzar mostres fixades en formalina i parafina (FFPE, formalin-fixed paraffin embedded) després de passar per un test de control de qualitat basat en qPCR i un procés de restauració.

Equipament: Illumina iScan amb sistema Autoloader i TECAN Freedom EVO liquid-handling robot.

2. SEQÜENCIACIÓ DE NOVA GENERACIÓ (NGS)

L’equipament MiSeqDx s’utilitza per a la seqüenciació dirigida de llibreries de DNA utilitzant tecnologia de Seqüenciació per Síntesi (SBS). Es pot emprar tant per a recerca bàsica com per assajos de diagnòstic in vitro (IVD). Assoleix un volum de 1-96 mostres per reacció en funció de l’assaig i proporciona una lectura de fins a 2 x 300 bp.

Aplicacions

• Reseqüenciació dirigida

• Seqüenciació de petits genomes

• Metagenòmica (16S rRNA)

Equipament: Illumina MiSeqDX (per proves diagnòstiques)

3. PIROSEQÜENCIACIÓ

Pyromark utilitza la piroseqüenciació per a l’anàlisi dirigit de seqüències curtes de DNA. S’empra per a la caracterització de polimorfismes d’un sol nucleòtid (SNPs), insercions-delecions (indels) i variants de seqüència desconeguda i nivells de metilació de DNA tant en llocs CpG com no-GpG (CpN).

Aplicacions

• Anàlisi quantitativa de nivells de metilació de DNA.

• Determinació de les freqüències al·lèliques de variants de DNA (SNPs/indels).

Equipament: Qiagen PyroMark Q48 Autoprep System.

4. EXTRACCIÓ DE DNA

Aïllament de DNA d’un ampli ventall de tipus de mostres (cèl·lules primàries, línies cel·lulars, teixits congelats o parafinats).

5. QUANTIFICACIÓ D'ÀCIDS NUCLEICS

Quantificació d’àcids nucleics per espectrofotometria i fluorimetria.

Equipament: Qubit 2.0 Fluorometer i lector de microplaques TECAN Infinite F Nano

6. CONTROL DE QUALITAT DE MOSTRES

Els controls d’integritat i contaminació amb RNA de mostres de DNA es comproven per electroforesi en gel d’agarosa.