Genòmica

Raquel Pluvinet

Introducció

La Unitat de Genòmica treballa en l’aplicació de tecnologies genòmiques i epigenòmiques d’alt rendiment per donar suport a la recerca biomèdica d’avantguarda. Els nostres equips especialitzats proporcionen serveis genòmics tant a la comunitat de l'IJC com a clients externs.

Tenim una llarga experiència en la caracterització de perfils de metilació de l'ADN a tot el genoma mitjançant la tecnologia Illumina Infinium (Human MethylationEPIC v2.0 i Mouse Methylation BeadChips).

La unitat de Genòmica ofereix diferents nivells de servei depenent de les necessitats de l'usuari, incloent-hi disseny experimental, control de qualitat de mostres, processament i anàlisi bàsica de dades.

Serveis

1. APLICACIONS BASADES EN ARRAYS (Illumina)

Anàlisi de perfils de metilació de DNA

Infinium Methylation EPIC v2 BeadChip (935k CpG sites)
Infinium Mouse Methylation BeadChip (285k CpG sites)
Infinium Methylation Screening Array (MSA) Beadchip (270k CpG sites)

Anàlisi de genotipat de SNP i CNV (variacions en número de còpies)

Anàlisi de genotipat de tot el genoma amb tots els arrays disponibles d’Illumina disponibles actualment, inclosos els nous EX Platform BeadChips: Infinium Global Cribratge Array v4.0 (GSA v4) i Infinium Global Clinical Research Array-24 v1.0 (GCRA).

Amb aquests arrays es pot analitzar ADN extret de teixit fresc, sang, PBMC (cèl·lules mononuclears de sang perifèrica), línies cel·lulars i saliva. També es poden analitzar mostres fixades en formalina i parafina (FFPE, formalin-fixed paraffin embedded) després de passar per un test de control de qualitat basat en qPCR i un procés de restauració.

Equipament: Ilumina iScan amb sistema Autoloader, TECAN Freedom EVO liquid-handling robot i sistema de pipeteig automatitzat Infinium (IAPS) amb ILASS

2. SEQÜENCIACIÓ DE NOVA GENERACIÓ (NGS)

Tecnologia de seqüenciació per síntesi (SBS) d’Illumina. Dues plataformes:

MiSeqDx: per assajos de recerca i diagnòstic in vitro (IVD). Rendiment: 1-96 mostres/sèrie; longitud de lectura de fins a 2 × 300 pb, màxim 25 milions de lectures per sèrie.

MiSeq i100 Plus: optimitzada per projectes a mitja escala, ofereix fins a 100 milions de lectures aparellades per cicle (2 × 150 pb) i una longitud de lectura de fins a 2 × 500 pb. Ofereix una seqüenciació més ràpida i econòmica en comparació amb MiSeqDx.

Aplicacions

Reseqüenciació dirigida
Seqüenciació de petits genomes
Seqüenciació d’amplicons
Metagenòmica (ARNr 16S)
Seqüenciació d'ARN (projectes petits/mitjans)
Control de qualitat de biblioteques

Equipament: Illumina MiSeqDX (per proves diagnòstiques) i Illumina MiSeq i100 Plus (per projectes de recerca)

3. PIROSEQÜENCIACIÓ

Aplicacions

Anàlisi quantitativa de nivells de metilació de DNA.
Determinació de les freqüències al·lèliques de variants de DNA (SNPs/indels).

Equipament: Qiagen PyroMark Q48 Autoprep System.

4. EXTRACCIÓ D’ADN

Aïllament d’ADN d’un ampli ventall de tipus de mostres (cèl·lules primàries, línies cel·lulars, teixits congelats o parafinats).

5. QUANTIFICACIÓ D'ÀCIDS NUCLEICS

Quantificació d’àcids nucleics per espectrofotometria i fluorimetria.

Equipament: Qubit 2.0 Fluorometer, QubitFlex i lector de microplaques TECAN Infinite F Nano

6. CONTROL DE QUALITAT DE MOSTRES

L'anàlisi de la mida i la integritat de l'ADN (ADN genòmic i llibreries NGS) i l'ARN s'avaluen mitjançant una electroforesi en gel d’agarosa i una plataforma d'electroforesi automatitzada d'alt rendiment.

Equipament: Sistema Agilent TapeStation 4200.