Introducción

La Unidad de Genómica se concentra en la aplicación de tecnologías genómicas y epigenómicas de alto rendimiento para apoyar la investigación biomédica de última generación. La unidad cuenta con equipamiento especializado para ofrecer servicios de genómica tanto a la comunidad IJC como a usuarios externos Contamos con una larga experiencia en la caracterización de perfiles de metilación de ADN a escala genómica utilizando la tecnología Illumina Infinum (Human MethylationEPIC v2.0 y Mouse Methylation BeadChips).

La Unidad de Genómica ofrece varios niveles de servicio en función de las necesidades del usuario, incluyendo el diseño experimental, control de calidad de las muestras, procesamiento y análisis de datos básico.

Servicios

1.APLICACIONES BASADAS EN ARRAYS (Illumina)

Análisis de perfiles de metilación de DNA

1) Infinium Methylation EPICv2 BeadChip. Permite interrogar más de 935.000 puntos de metilación de forma cuantificable sobre el genoma humano con resolución de nucleótido. Proporciona una cobertura completa del genoma ya que los puntos interrogados incluyen sitios CpG fuera de las islas CpG, puntos de metilación alternativos a CpG identificados en células madre humanas (lugares CHH), sitios metilados diferencialmente identificados en tumores vs. Normales, potenciadores FANTOM5, cromatina accesible ENCODE y potenciadores, lugares de hipersensibilidad a DNasa y regiones promotoras de miRNA.

2) Infinium Mouse Methylation BeadChip.

Interroga >285k puntos de metilación por muestra con resolución de nucleótido. Proporciona una cobertura equilibrada de islas CpG, puntos de inicio de traducción, potenciadores, loci imprintados y otras regiones. El ensayo alcanza una reproducibilidad superior al 98% por réplicas técnicas y muestra una gran correlación con datos de secuenciación bisulfito del genoma completo.

Análisis de genotipado de SNP y CNV (variaciones en número de copias)

Nuestra unidad ofrece análisis del genotipado de genoma completo con todos los arrays de ilumina disponibles actualmente: Infinium Global Screening Array, Infinium Omni5-4 Beadchip, Infinium CytoSNP-850K BeadChip, Infinium Global Diversity Array-8 Kit, Infinium OmniEx4 , etc.

Con estos arrays se puede analizar ADN extraído de tejido fresco, sangre, PBMC (células mononucleares de sangre periférica), líneas celulares y saliva. También se pueden analizar muestras fijadas en formalina y parafina (FFPE, formalin-fixed paraffin embedded) después de pasar por un test de control de calidad basado en qPCR y un proceso de restauración.

Equipamiento: Ilumina iScan con sistema Autoloader y TECAN Freedom EVO liquid-handling robot.

2. SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN (NGS)

El equipamiento MiSeqDx se utiliza para la secuenciación dirigida de librerías de DNA utilizando tecnología de Secuenciación por Síntesis (SBS). Se puede utilizar tanto para investigación básica como para ensayos de diagnóstico in vitro (IVD). Alcanza un volumen de 1-96 muestras por reacción en función del ensayo y proporciona una lectura de hasta 2 x 300 bp.

Aplicaciones

• Resecuenciación dirigida

• Secuenciación de pequeños genomas

• Metagenómica (16S rRNA)

Equipamiento: Illumina MiSeqDX (por pruebas diagnósticas)

3. PIROSECUENCIACIÓN

Pyromark utiliza la pirosecuenciación para el análisis dirigido de secuencias cortas de DNA. Se emplea para la caracterización de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), inserciones-deleciones (indels), variantes de secuencia desconocida y niveles de metilación de DNA tanto en lugares CpG como no-GpG (CpN).

Aplicaciones

• Análisis cuantitativo de niveles de metilación de DNA

• Determinación de las frecuencias alélicas de variantes de DNA (SNPs/indels)

Equipamiento: Qiagen PyroMark Q48 Autoprep System.

4. EXTRACCIÓN DE DNA

Aislamiento de DNA de un amplio abanico de tipos de muestras (células primarias, líneas celulares, tejidos congelados o parafinados).

5. CUANTIFICACIÓN DE ÁCIDOS NUCLÉICOS

Cuantificación de ácidos nucleicos por espectrofotometría y fluorimetría. Equipamiento: Qubit 2.0 Fluorometer y lector de microplacas TECAN Infinite F Nano.

6. CONTROL DE CALIDAD DE MUESTRAS

Los controles de integridad y contaminación con RNA de muestras de DNA se comprueban por electroforesis en gel de agarosa.