Genómica

Raquel Pluvinet

Introducción

La Unidad de Genómica trabaja en la aplicación de tecnologías genómicas y epigenómicas de alto rendimiento para apoyar la investigación biomédica de última generación. La unidad cuenta con equipamiento especializado para ofrecer servicios de genómica tanto a la comunidad IJC como a usuarios externos.

Tenemos una larga experiencia en la caracterización de perfiles de metilación de ADN a escala genómica utilizando la tecnología Illumina Infinum (Human MethylationEPIC v2.0 y Mouse Methylation BeadChips).

La Unidad de Genómica ofrece varios niveles de servicio en función de las necesidades del usuario, incluyendo el diseño experimental, control de calidad de las muestras, procesamiento y análisis de datos básico.

Servicios

1.APLICACIONES BASADAS EN ARRAYS (Illumina)

Análisis de perfiles de metilación de ADN

Infinium Methylation EPIC v2 BeadChip (935k CpG sites)
Infinium Mouse Methylation BeadChip (285k CpG sites)
Infinium Methylation Screening Array (MSA) Beadchip (270k CpG sites)

Análisis de genotipado de SNP y CNV (variaciones en número de copias)

Análisis de genotipado de todo el genoma con todos los arrays de Illumina disponibles actualmente, incluidos los nuevos EX Platform BeadChips: Infinium Global Screening Array v4.0 (GSA v4) e Infinium Global Clinical Research Array-24 v1.0 (GCRA).

Con estos arrays se puede analizar ADN extraído de tejido fresco, sangre, PBMC (células mononucleares de sangre periférica), líneas celulares y saliva. También se pueden analizar muestras fijadas en formalina y parafina (FFPE, formalin-fixed paraffin embedded) después de pasar por un test de control de calidad basado en qPCR y un proceso de restauración.

Equipamiento: Ilumina iScan con sistema Autoloader, TECAN Freedom EVO liquid-handling robot y sistema de pipeteo automatizado Infinium (IAPS) con ILASS

2. SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN (NGS)

Tecnología de secuenciación por síntesis (SBS) de Illumina. Dos plataformas:

MiSeqDx: para ensayos de investigación y diagnóstico in vitro (IVD). Rendimiento: 1-96 muestras/serie; longitud de lectura de hasta 2 × 300 pb, máximo 25 millones de lecturas por serie.
MiSeq i100 Plus: optimizada para proyectos a media escala, ofrece hasta 100 millones de lecturas emparejadas por ciclo (2 × 150 pb) y una longitud de lectura de hasta 2 × 500 pb. Ofrece una secuenciación más rápida y rentable en comparación con MiSeqDx.

Aplicaciones

Resecuenciación dirigida
Secuenciación de pequeños genomas
Secuenciación de amplicones
Metagenómica (ARNr 16S)
Secuenciación de ARN (proyectos pequeños/medianos)
Control de calidad de bibliotecas

Equipamiento: Illumina MiSeqDX (para pruebas diagnósticas) e Illumina MiSeq i100 Plus (para proyectos de investigación)

3. PIROSECUENCIACIÓN

Aplicaciones

Análisis cuantitativo de niveles de metilación de DNA
Determinación de las frecuencias alélicas de variantes de DNA (SNPs/indels)

Equipamiento: Qiagen PyroMark Q48 Autoprep System.

4. EXTRACCIÓN DE ADN

Aislamiento de ADN de un amplio abanico de tipos de muestras (células primarias, líneas celulares, tejidos congelados o parafinados).

5. CUANTIFICACIÓN DE ÁCIDOS NUCLÉICOS

Cuantificación de ácidos nucleicos por espectrofotometría y fluorimetría. Equipamiento: Qubit 2.0 Fluorometer, QubitFlex y lector de microplacas TECAN Infinite F Nano.

6. CONTROL DE CALIDAD DE MUESTRAS

El análisis del tamaño y la integridad del ADN (ADN genómico y librerías NGS) y del ARN se evalúan mediante una electroforesis en gel de agarosa y una plataforma de electroforesis automatizada de alto rendimiento.

Equipamiento: Sistema Agilent TapeStation 4200.