Introducción

El objetivo de la Unidad de Single Cell es proveer servicios científicos a la comunidad del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras, así como a sus usuarios externos. Está equipada con tecnología de última generación para estudios genómicos y transcriptómicos, tanto básicos como traslacionales con resolución de célula individual.

La tecnología de Single Cell ha surgido en la última década como una de las metodologías más importantes en el ámbito biomédico. Es capaz de resolver sistemas biológicos de alta complejidad y capturar toda la heterogeneidad presente en una muestra. Permite identificar poblaciones celulares imposibles de aislar con técnicas menos resolutivas, como la secuenciación masiva.

La capacidad de distinguir la heterogeneidad celular está mejorando nuestra capacidad de entender enfermedades complejas, dando herramientas para el desarrollo de nuevos medicamentos.

La Unidad de Single Cell dispone de los dispositivos Chromium Controller y Chromium X (10X Genomics) para el análisis de Single Cell a nivel transcriptómico, así como de la plataforma Tapestri (Mission Bio), para el análisis Single Cell a nivel genómico e inmunofenotípico.

Tanto las tecnologías Chromium como Tapestri se basan en la tecnología microfluídica de goteo, que permite el encapsulamiento de cientos o miles de células individuales en pocos minutos.

El sistema permite el encapsulamiento de células individuales o de núcleos, junto con otros reactivos en solución. Así, se puede etiquetar las muestras y producir librerías dentro de las mismas gotas. Las librerías así generadas serán secuenciadas y analizadas con herramientas bioinformáticas especialmente diseñadas para tal fin.

Desde 2022, la Unidad de Single Cell es el primer centro de excelencia reconocido por Tapestri en Europa. También es uno de los centros certificados como proveedores de servicios para tecnologías de 10X Genomics.

El IJC y Mission Bio han firmado un acuerdo de colaboración que permitirá el avance en la aplicación de la secuenciación de DNA de célula individual para la investigación en el ámbito de la progresión de las enfermedades, la resistencia en las terapias, la enfermedad residual medible en cánceres hematológicos, así como en su nuevo programa de investigación sobre el cáncer de mama.

Servicios

Asesoramiento científico y tecnológico en el campo de single cell: desde la planificación del proyecto y la fase de diseño experimental, hasta la fase de ejecución, procesamiento de muestras y entrega de los datos de secuenciación.

Transcriptómica de single cell (Chromium de 10X Genomics): Con la secuenciación de RNA de single cell, el foco es identificar diferencias de expresión génica a nivel de single cell para estudiar tipos celulares y estados en relación a su contexto, a fin de revelar otros tipos de heterogeneidad específica de tejido, nuevos biomarcadores y dianas con potencial terapéutico y caracterizar las complejas respuestas celulares a los tratamientos.

• Single-cell RNA-seq 3’ • Single-cell RNA-seq 3’ + Feature Barcoding (para proteínas de superficie y detección de cribado CRISPER)

• Single-cell Immune profiling (scRNA-seq 5' + TCR/BCR)

• Single-cell Immune profiling (scRNA-seq 5' + TCR/BCR) + Feature Barcoding (para proteínas de superficie, CRISPER y detección de cribado Barcode Enabled Antigen Mapping-BEAM screening detection)

• Single-cell ATAC-seq

• Single-cell Multiome (ATAC + scRNA-seq 3’)

• Single-cell Gene Expression Flex (para muestras FFPE frescas o congeladas)

• Single-cell Gene Expression v4 – GEM-X technology

• Single-cell Immune Profiling v3 – GEM-X technology

Genómica de Single Cell (Tapestri de Misión Bio)

Ésta es la única plataforma capaz de obtener información simultáneamente del genotipo, como mutaciones nucleotídicas, indels y variaciones en el número de copias, junto con datos fenotípicos de la misma célula, permitiendo comprender la arquitectura de los tumores con una resolución sin precedentes. Esta metodología permite identificar la coocurrencia de mutaciones en poblaciones clonales y detectar subclones raros hasta una frecuencia del 0.1% Mission bio ofrece la posibilidad de usar paneles de DNA prediseñados o personalizados, para determinar la fuente de la resistencia, respuesta o recaída de diversas malignidades hematológicas así como de tumores sólidos, tales como cáncer de mama o glioblastoma.

• Single-cell targeted DNA-seq (análisis de mutaciones y/o análisis de CNV)

• Single-cell DNA-seq + cell-surface protein-seq

PBMCs/BBMCs Extracción de núcleo: por protocolos de transcriptómica de RNA scATAC y scMultiome.

Control de Calidad y Test de viabilidad:

Esta opción es útil para usuarios noveles de metodologías single cell que necesitan asesoramiento en la preparación de muestras y no saben cómo evaluar la calidad y cantidad de sus suspensiones celulares.

Paso de eliminación de células muertas: en el caso de suspensiones celulares proporcionadas por el usuario con menos de un 70% de viabilidad.

Protocolos de Single Cell personalizados.