Introducció

L’objectiu de la Unitat de Single Cell és proveir serveis científics a la comunitat de l’Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras, així com als seus usuaris externs. Està equipada amb tecnologia d’última generació per a estudis genòmics i transcriptòmics tant bàsics com traslacionals amb resolució de cèl·lula individual.

La tecnologia de Single Cell ha sorgit durant la última dècada com una de les metodologies més importants en l’àmbit biomèdic. És capaç de resoldre sistemes biològics d’alta complexitat i capturar tota la heterogeneïtat present en una mostra. Ens permet identificar poblacions cel·lulars impossibles d’aïllar amb tècniques menys resolutives, com ara la seqüenciació massiva.

La capacitat de distingir l’heterogeneïtat cel·lular està millorant la nostra capacitat d’entendre les malalties complexes, donant eines per al desenvolupament de nous medicaments.

La Unitat de Single Cell disposa dels dispositius Chromium Controller i Chromium X (10X Genomics) per a l’anàlisi de Single Cell a nivell transcriptòmic, i també de la plataforma Tapestri (Mission Bio), per a l’anàlisi Single Cell a nivell genòmic i immunofenotípic.

Tant les tecnologies Chromium com Tapestri es basen en la tecnologia microfluídica de goteig , que permet l’encapsulament de centenars o milers de cèl·lules individuals en pocs minuts.

El sistema permet l’encapsulament de cèl·lules individuals o bé de nuclis, juntament amb d’altres reactius en solució. Així, es pot etiquetar les mostres i produir-ne llibreries dins de les mateixes gotes. Les llibreries generades d’aquesta manera seran seqüenciades i analitzades amb eines bioinformàtiques especialment dissenyades per a tal finalitat.

Des del 2022, la Unitat de Single Cell és el primer centre d’excel·lència reconegut per Tapestri a Europa. També és un dels centres certificats com a proveïdors de servei per a tecnologies de 10X Genomics.

L’IJC i Mission Bio han signat un acord de col·laboració que permetrà l’avenç en l’aplicació de la seqüenciació de DNA de cèl·lula individual per a la recerca en l’àmbit de la progressió de les malalties, la resistència a les teràpies, la malaltia residual mesurable en càncers hematològics, així com al seu nou programa de recerca sobre el càncer de mama.

Serveis

Assessorament científic i tecnològic en el camp de single cell: des de la planificació del projecte i la fase de disseny experimental, fins a la fase d’execució, processament de mostres i lliurament de les dades de seqüenciació.

Transcriptòmica de single cell (Chromium de 10X Genomics): Amb la seqüenciació de RNA de single cell, el focus és identificar diferències d’expressió gènica a nivell de single cell per tal d’estudiar tipus cel·lulars i estats en relació al seu context, per tal de revelar altres tipus d’heterogeneïtat específica de teixit, nous biomarcadors i dianes amb potencial terapèutic i caracteritzar les complexes respostes cel·lulars als tractaments.

• Single-cell RNA-seq 3’

• Single-cell RNA-seq 3’ + Feature Barcoding (per proteïnes de superfície i detecció de cribratge CRISPER)

• Single-cell Immune profiling (scRNA-seq 5’ + TCR/BCR)

• Single-cell Immune profiling (scRNA-seq 5’ + TCR/BCR) + Feature Barcoding (per proteïnes de superfície, CRISPER i detecció de cribratge Barcode Enabled Antigen Mapping-BEAM screening detection)

• Single-cell ATAC-seq

• Single-cell Multiome (ATAC + scRNA-seq 3’)

• Single-cell Gene Expression Flex (per mostres FFPE fresques o congelades)

• Single-cell Gene Expression v4 – GEM-X technology

• Single-cell Immune Profiling v3 – GEM-X technology

Genòmica de Single Cell (Tapestri de Mission Bio)

Aquesta és la única plataforma capaç d’obtenir informació simultàniament del genotip, com ara mutacions nucleotídiques, indels i variacions en el número de còpies, juntament amb dades fenotípiques de la mateixa cèl·lula, permetent comprendre l’arquitectura dels tumors amb una resolució sense precedents. Aquesta metodologia permet identificar la co-ocurrència de mutacions en poblacions clonals i detectar subclons rars fins a una freqüència del 0.1% Mission bio ofereix la possibilitat d’usar panells de DNA predissenyats o bé personalitzats, per tal de determinar la font de la resistència, resposta o recaiguda de diverses malignitats hematològiques així com també de tumors sòlids, tals com càncer de mama o glioblastoma.

• Single-cell targeted DNA-seq (anàlisi de mutacions i / o anàlisi de CNV)

• Single-cell DNA-seq + cell-surface protein-seq

PBMCs/BBMCs Extracció de nucli: per protocols de transcriptòmica d’RNA scATAC i scMultiome.

Control de Qualitat i Test de viabilitat: Aquesta opció és útil per a usuaris novells de metodologies single cell que necessiten assessorament en la preparació de mostres i no saben com avaluar la qualitat i quantitat de les seves suspensions cel·lulars.

Pas d’eliminació de cèl·lules mortes: en el cas de suspensions cel·lulars proporcionades per l’usuari amb menys d’un 70% de viabilitat.

Protocols de Single Cell personalitzats