Bioinformática

Angelika Merkel

Introducción

La unidad de Bioinformática del IJC ofrece análisis computacionales de alta calidad para investigadores, tanto internos como externos, cubriendo todos los aspectos del proyecto relacionados con el procesamiento de datos clínicos o biológicos. Los servicios incluyen el diseño experimental y el análisis de datos para experimentos de microarray, secuenciación de nueva generación, consultoría estadística, integración de datos, interpretación y presentación, desarrollo de software y tratamiento de datos. La Unidad de Bioinformática trabaja estrechamente con la Unidad de Genómica y la Unidad de Single Cell.

Servicios

• Análisis de datos bioinformáticos (ver abajo)

• Análisis personalizados y desarrollo de software adaptado al usuario

• Visualización de datos (omics, infografías y visualizaciones de datos complejos)

• Gestión de datos (datos brutos, datos de proyecto, repositorios de código)

• Transferencia de datos a, y desde, repositorios públicos (GEO, SRA, EGA, ENA, etc.)

• Redactado de manuscritos (métodos, resultados, etc.)

• Apoyo para redacción de becas y proyectos

• Seminarios y talleres sobre Bioinformática

• Supervisión de estudiantes y becarios

• Consultoría en todos los aspectos de la bioinformática (estadística, programación, flujos de trabajo)

ANÁLISIS DE DATOS

Genómica

• Genotipado e identificación de variantes a partir de secuenciación de exoma completo (WES), secuenciación de genoma completo (WGS), secuenciación de amplicones, secuenciación de paneles y microarrays de SNP.

Transcriptómica

• Análisis de expresión de RNA-seq (PolyA, RNA total) y miRNA, microarrays de RNA (incluida predicción de diana)

• Análisis de procesamiento alternativo (splicing) y diversidad transcriptómica a partir de RNA-seq.

• Identificación de variantes (p. ej. edición de RNA) a partir de RNA-seq.

• Detección de fusiones génicas a partir de RNA-seq.

Epigenómica

• Análisis de metilación con grupos 5mC y 5hmC sobre ADN mediante microarray (EPIC, ratón) o bien NGS: secuenciación con bisulfito de genoma completo (WGBS), secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS), Methyl-seq.

• Análisis de unión de cromatina y factores de transcripción por ChIP-seq, ATAC-sq, Cut&Run.

Epitranscriptómica

• Análisis de unión RNA -Proteína por CLIP-seq (predicción de motivos y uniones)

Single Cell Omics

• Análisis de Single Cell por scRNAseq y scATAC-seq (10X Genomics).

• Determinación del perfil inmunitario a partir de secuenciación de BCR/TCR

• Análisis de expresión de RNA-seq (PolyA, RNA total) y miRNA, microarrays de RNA (incluida predicción de diana).

• Análisis de procesamiento alternativo (splicing) y diversidad transcriptómica a partir de RNA-seq.

• Identificación de variantes (p. ej. edición de RNA) a partir de RNA-seq.

• Detección de fusiones génicas a partir de RNA-seq.