Immunogenòmica del càncer

Eduard Porta

Equip
Publicacions
Ajuts vigents

INTRODUCCIÓ

La nostra recerca es troba en la interfase entre la intel·ligència artificial, la biologia molecular i l’oncologia mèdica, i reunim experts dels tres camps. Emprem estratègies computacionals per estudiar la interacció entre variants genètiques en genomes cancerosos, a més de múltiples aspectes del càncer que abasten des de la resposta immunitària als tumors fins a la susceptibilitat de les cèl·lules canceroses a diferents tractaments.

LA NOSTRA RECERCA

En les dues últimes dècades, en la recerca del càncer s’ha produït un gran auge de tres tipus principals de big data. Així, en el nostre grup usem tres tipus de dades:

1. Genotips de línia germinal de pacients amb càncer, és a dir, el genoma bàsic no alterat de persones individuals a les quals s’ha diagnosticat un càncer.

2. Genomes de tumors somàtics, que són els genomes particulars de tumors individuals, amb el seu conjunt únic d’alteracions.

3. La quantitat i la composició de cèl·lules tumorals obtingudes mitjançant seqüenciació de cèl·lules úniques.

Fins ara, aquests tres aspectes de la immunobiologia dels tumors s’han estudiat principalment de manera individual. Ara és evident, però, que aquests tres factors estan íntimament relacionats i que s’han d’estudiar com un tot.

ELS NOSTRES OBJECTIUS

El nostre objectiu principal és comprendre com influeix la variació genètica en la resposta immunitària contra les cèl·lules canceroses i viceversa. Més específicament, estem treballant en les línies de recerca següents:

1. Comprendre com influeixen les variants genètiques heretades en la resposta immunitària contra les cèl·lules canceroses.

2. Comprendre la relació entre les variants genètiques heretades i el sexe biològic quant a la seva influència sobre la predisposició al càncer. Estem utilitzant el supercomputador MareNostrum per analitzar dades genètiques de centenars de milers de pacients amb càncer des de la perspectiva del sexe biològic per identificar variants genètiques que predisposin al càncer de manera diferent segons el gènere.

3. Integrar l’estructura de les proteïnes i de dades genètiques per identificar noves mutacions associades al càncer.

4. Crear un mapa molecular i cel·lular del microambient tumoral en el càncer de bufeta.