Biografia

Vaig fer el meu doctorat en Bioinformàtica a Barcelona (2013), amb l’Ana María Rojas, on vaig estudiar com les mutacions associades a diferents malalties també tenen diferents propietats moleculars. Després, em vaig traslladar a San Diego, als Estats Units, per unir-me al laboratori de l’Adam Godzik (2013-2017). Allà vaig centrar la meva recerca inicial en la identificació de regions de proteïnes conductores del càncer. Vaig desenvolupar e-Driver, un algorisme que troba regions de proteïnes (dominis o interfícies d'interacció) enriquides en mutacions somàtiques del càncer. Utilitzant dades de l'Atlas del Genoma del Càncer, vaig trobar noves regions que no s'havien relacionat abans amb el càncer. Els meus resultats també van aportar nous coneixements sobre gens cancerígens ben establerts, com ara el TP53 o l'EGFR. També apliquem aquesta anàlisi de subgens per identificar nous biomarcadors farmacològics. Vaig analitzar les dades de l'Enciclopèdia de Línies Cel·lulars de Càncer (CCLE) i vaig descobrir 405 dominis proteics associats a diferències en la sensibilitat als fàrmacs. Com a resultat, vam crear una empresa derivada, Genrix, que tenia com a objectiu ajudar les companyies farmacèutiques a trobar biomarcadors pels seus candidats. També he treballat en immunologia del càncer. Ara és evident que les cèl·lules canceroses necessiten evitar el sistema immunitari per sobreviure, i les teràpies dirigides a restaurar la resposta immunitària contra les cèl·lules canceroses estan transformant el panorama de les teràpies d'una manera inimaginable fa només uns anys. Vaig descobrir més de 100 regions proteiques que, quan muten, es correlacionen amb la presència de limfòcits al microentorn tumoral. Aquests resultats, així com l'algorisme, són utilitzats actualment per científics de Regeneron, una empresa biotecnològica que utilitza més de 5.500 persones pels seus propis projectes. Aquest darrer exemple posa en relleu els valors fonamentals de la meva recerca: integritat ètica i científica, maximitzar-ne l'impacte en la societat i col·laborar amb altres actors per aconseguir un objectiu més gran. Com a exemple, per garantir la transparència i reproductibilitat de la meva recerca, tots els algoritmes que he creat es publiquen al meu compte de Github. Això també ajuda a maximitzar-ne l'impacte, ja que poden ser utilitzats per altres investigadors pels seus propis projectes. Un altre exemple és el meu recent paper d’analista principal del projecte TCGA PanCancer Atlas. Aquest consorci va reunir més de 1000 científics de més de 20 països per analitzar conjuntament tot el conjunt de dades del TCGA. Com a membre dels grups de treball de processos oncogènics, gens impulsors i anàlisis de panimmunitat, vaig tenir l'oportunitat i el privilegi d'aportar la meva experiència a aquesta comunitat i ajudar a descobrir nous subtipus de respostes immunes al càncer, ampliar el catàleg de gens impulsors del càncer i com les variacions de la línia germinal predisposen diferents tipus de càncer. Entre el 2017 i el 2019 vaig treballar amb l’Alfonso Valencia al Barcelona Supercomputing Center. Allà, vaig centrar els meus esforços en la integració de múltiples tipus de dades òmiques per entendre com contribueixen a l'oncogènesi junts, en lloc d'individualment. Això em va valer per obtenir una beca de Junior Leader de La Caixa que actualment em finança a mi i a un estudiant de doctorat. Des del gener del 2020 sóc Junior Group Leader del laboratori d'Immunogenòmica del Càncer a l'Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras. Actualment estem desenvolupant eines per integrar dades de transcriptòmica unicel·lular i espacial de tumors amb cohorts caracteritzades amb tecnologies de genòmica massiva.