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Dr. Javierre & Tomás-Daza, Rovirosa

Un método optimizado para observar el funcionamiento interno de las células cancerosas desbloquea un hito en la lucha contra el cáncer: el interactoma

Investigadores del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras han desarrollado un método para analizar interacciones de largo alcance en el ADN -el interactoma- a partir de una cantidad muy baja de material de partida. El método, llamado liCHi-C, abre la puerta a estudiar el interactoma de muestras obtenidas directamente de pacientes por primera vez, en lugar de modelos in vitro, y nos ayuda a comprender cómo las alteraciones en las regiones reguladoras afectan el funcionamiento interno de las células cancerosas.

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Diego Sánchez & Néstor Tirado

Investigadores del Hospital 12 de Octubre y el Instituto Josep Carreras crean una terapia celular basada en el uso de células puñal, frente a un tipo de leucemia con escasas opciones de tratamiento

Investigadores del Hospital Universitario 12 de Octubre de Madrid y del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras han creado una terapia celular para un tipo de leucemia que en la actualidad cuenta con muy pocas alternativas de tratamiento. Se trata de una innovadora terapia llamada STAb-T, desarrollada gracias a la financiación aportada por la Asociación Española Contra el Cáncer.

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Anna Bigas & Group

Identifican una vía para superar la resistencia al tratamiento en un tipo de leucemia

Un estudio encabezado por la Dra. Anna Bigas, líder del grupo Células madre y cáncer del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras y del del Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas ha revelado el papel clave de una proteína para indicar los pacientes con leucemia linfoblástica aguda de células T que no responderán al tratamiento habitual

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Manel Esteller & Verónica Dávalos

La epigenética irrumpe en la práctica clínica del cáncer

El Dr. Manel Esteller y la Dra. Verónica Dávalos, investigadores del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras, describen en un nuevo artículo el impacto de la epigenética en el tratamiento contra el cáncer y cómo se ha convertido en una herramienta indispensable para mejorar la detección precoz, predecir la evolución de la enfermedad y convertirse en una diana de nuevos tratamientos. 

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8 IJC Elsevier

Ocho investigadores del Instituto Josep Carreras reconocidos por Elsevier entre los más relevantes internacionalmente

Manel Esteller, Josep Maria Ribera, Esteban Ballestar, Alejandro Vaquero, Montse Sánchez-Cespedes, María Berdasco, Fumiichiro Yamamoto y Ciril Rozman, junto a una veintena de investigadores y personal médico de instituciones del Campus Can Ruti, son incluidos en la lista Scopus de Elsevier, en la que se encuentran los 200 mil investigadores e investigadoras más reconocidos a nivel global.

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Francesc Solé 2022

El género juega un papel importante en el pronóstico de los Síndromes Mielodisplásicos

Un equipo internacional de investigadores sobre Síndromes Mielodisplásicos (SMD) descubrió que el género es un factor importante en la progresión de la enfermedad. Según el estudio, los hombres muestran un peor pronóstico, principalmente debido a las interacciones cardiovasculares de la anemia con SMD leves y un panorama mutacional peor y más amplio que el de las mujeres. El equipo propone incorporar el sexo y sus características distintivas asociadas en el sistema estándar de puntuación de pronóstico (IPSS), para estratificar mejor a los pacientes con SMD y mejorar la toma de decisiones personalizada en la clínica.

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Ballestar lab 2022

Investigadores encuentran alteraciones epigenéticas en el sistema inmune detrás de la COVID-19 grave

Los monocitos de pacientes de covid-19 severa muestran un estado epigenético alterado, según los resultados del grupo de Epigenética y Enfermedades Inmunes del Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras. Las alteraciones encontradas en estas células, clave en la promoción de la inflamación, pueden explicar las características de la aberrante respuesta inmune contra la infección por Sars-Cov-2, como la comunicación deficiente con otras células inmunes y los defectos de maduración. Este análisis exhaustivo de la epigenética de los monocitos en covid-19 severo, el primero de este tipo, pone de relieve la importancia de estas células en la modulación de la respuesta inmune.

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Últimas publicaciones

David Cruz, Rocío Rodríguez-Romanos, Marta González-Bartulos, Irene García-Cadenas, Rafael de la Cámara, Inmaculada Heras, Ismael Buño, Nazly Santos, Natàlia Lloveras, Pilar Velarde, Esperanza Tuset, Carmen Martínez, Marcos González, Guillermo F. Sanz, Christelle Ferrá, Antonia Sampol, Rosa Coll, Jose A. Pérez-Simón, Javier López-Jiménez, Manuel Jurado, David Gallardo

LAG3 genotype of the donor and clinical outcome after allogeneic transplantation from HLA-identical sibling donors

Frontiers in Immunology 20 Ene 2023, 14 . Epub 20 Ene 2023
Introduction: The association of polymorphisms in molecules involved in the immune response (checkpoint inhibitors) with the clinical outcome after allogeneic transplantation (alloHSCT) has been described. Lymphocyte Activation 3 (LAG3) is a surface protein that plays a regulatory role in immunity as an inhibitory immune checkpoint molecule. Methods: To determine its role in the alloHSCT setting, we analyzed 797 patients transplanted from HLA-identical sibling donors. The LAG3 rs870849 C>T polymorphism was genotyped in donors. Results: We detected a higher incidence of severe acute GVHD in patients transplanted from donors with TT genotype (p: 0.047, HR 1.64; 95% CI 1.01 – 2.67). Overall survival (OS) was worse for patients transplanted from donors with the rs870849 CT/TT genotype (0.020; HR, 1.44; 95% CI 1.06 – 1.96), as well as disease-free survival (DFS) (p: 0.002; HR 1.58, 95%CI: 1.18 – 2.14) and transplant-related mortality (TRM) (p< 0.001; HR: 1.88, 95% CI 1.29 – 2.74). When combining the LAG3 rs870849 and the PDCD1 rs36084323 genotypes of the donor, three genetic groups were well defined, allowing a good stratification of the risk of acute GVHD, TRM, OS and DFS. Discussion: We conclude that the LAG3 genotype of the donor may be considered in donors’ selection. As this selection may be limited in the HLA-identical sibling donor scenario, further studies exploring the impact of LAG3 genotype of the donor in unrelated transplantation are warranted.
Tomás-Daza L, Rovirosa L, López-Martí P, Nieto-Aliseda A, Serra F, Planas-Riverola A, Molina O, McDonald R, Ghevaert C, Cuatrecasas E, Costa D, Camós M, Bueno C, Menéndez P, Valencia A, Javierre BM

Low input capture Hi-C (liCHi-C) identifies promoter-enhancer interactions at high-resolution.

Nature Commununications 17 Ene 2023, 14 (1) 268. Epub 17 Ene 2023
Long-range interactions between regulatory elements and promoters are key in gene transcriptional control; however, their study requires large amounts of starting material, which is not compatible with clinical scenarios nor the study of rare cell populations. Here we introduce low input capture Hi-C (liCHi-C) as a cost-effective, flexible method to map and robustly compare promoter interactomes at high resolution. As proof of its broad applicability, we implement liCHi-C to study normal and malignant human hematopoietic hierarchy in clinical samples. We demonstrate that the dynamic promoter architecture identifies developmental trajectories and orchestrates transcriptional transitions during cell-state commitment. Moreover, liCHi-C enables the identification of disease-relevant cell types, genes and pathways potentially deregulated by non-coding alterations at distal regulatory elements. Finally, we show that liCHi-C can be harnessed to uncover genome-wide structural variants, resolve their breakpoints and infer their pathogenic effects. Collectively, our optimized liCHi-C method expands the study of 3D chromatin organization to unique, low-abundance cell populations, and offers an opportunity to uncover factors and regulatory networks involved in disease pathogenesis.
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García-Hernández V, Arambilet D, Guillén Y, Lobo-Jarne T, Maqueda M, Gekas C, González J, Iglesias A, Vega-García N, Sentís I, Trincado JL, Márquez-López I, Heyn H, Camós M, Espinosa L, Bigas A

β-Catenin activity induces an RNA biosynthesis program promoting therapy resistance in T-cell acute lymphoblastic leukemia.

EMBO Molecular Medecine 4 Ene 2023, e16554. Epub 4 Ene 2023
Understanding the molecular mechanisms that contribute to the appearance of chemotherapy resistant cell populations is necessary to improve cancer treatment. We have now investigated the role of β-catenin/CTNNB1 in the evolution of T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia (T-ALL) patients and its involvement in therapy resistance. We have identified a specific gene signature that is directly regulated by β-catenin, TCF/LEF factors and ZBTB33/Kaiso in T-ALL cell lines, which is highly and significantly represented in five out of six refractory patients from a cohort of 40 children with T-ALL. By subsequent refinement of this gene signature, we found that a subset of β-catenin target genes involved with RNA-processing function are sufficient to segregate T-ALL refractory patients in three independent cohorts. We demonstrate the implication of β-catenin in RNA and protein synthesis in T-ALL and provide in vitro and in vivo experimental evidence that β-catenin is crucial for the cellular response to chemotherapy, mainly in the cellular recovery phase after treatment. We propose that combination treatments involving chemotherapy plus β-catenin inhibitors will enhance chemotherapy response and prevent disease relapse in T-ALL patients.
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Martins-Ferreira R, Leal B, Chaves J, Ciudad L, Samões R, Martins da Silva A, Pinho Costa P, Ballestar E

Circulating cell-free DNA methylation mirrors alterations in cerebral patterns in epilepsy.

Clin Epigenetics 28 Dic 2022, 14 (1) 188. Epub 28 Dic 2022
Background DNA methylation profiling of circulating cell-free DNA (cfDNA) has rapidly become a promising strategy for biomarker identification and development. The cell-type-specific nature of DNA methylation patterns and the direct relationship between cfDNA and apoptosis can potentially be used non-invasively to predict local alterations. In addition, direct detection of altered DNA methylation patterns performs well as a biomarker. In a previous study, we demonstrated marked DNA methylation alterations in brain tissue from patients with mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis (MTLE-HS). Results We performed DNA methylation profiling in cfDNA isolated from the serum of MTLE patients and healthy controls using BeadChip arrays followed by systematic bioinformatic analysis including deconvolution analysis and integration with DNase accessibility data sets. Differential cfDNA methylation analysis showed an overrepresentation of gene ontology terms and transcription factors related to central nervous system function and regulation. Deconvolution analysis of the DNA methylation data sets ruled out the possibility that the observed differences were due to changes in the proportional contribution of cortical neurons in cfDNA. Moreover, we found no overrepresentation of neuron- or glia-specific patterns in the described cfDNA methylation patterns. However, the MTLE–HS cfDNA methylation patterns featured a significant overrepresentation of the epileptic DNA methylation alterations previously observed in the hippocampus. Conclusions Our results support the use of cfDNA methylation profiling as a rational approach to seeking non-invasive and reproducible epilepsy biomarkers.
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Veronica Davalos, Manel Esteller

Cancer epigenetics in clinical practice

CA: A Cancer Journal for Clinicians 13 Dic 2022, . Epub 13 Dic 2022
Cancer development is driven by the accumulation of alterations affecting the structure and function of the genome. Whereas genetic changes disrupt the DNA sequence, epigenetic alterations contribute to the acquisition of hallmark tumor capabilities by regulating gene expression programs that promote tumorigenesis. Shifts in DNA methylation and histone mark patterns, the two main epigenetic modifications, orchestrate tumor progression and metastasis. These cancer-specific events have been exploited as useful tools for diagnosis, monitoring, and treatment choice to aid clinical decision making. Moreover, the reversibility of epigenetic modifications, in contrast to the irreversibility of genetic changes, has made the epigenetic machinery an attractive target for drug development. This review summarizes the most advanced applications of epigenetic biomarkers and epigenetic drugs in the clinical setting, highlighting commercially available DNA methylation-based assays and epigenetic drugs already approved by the US Food and Drug Administration.

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