Introducción

La Unidad de Bioinformática del IJC proporciona servicios de análisis computacional de alta calidad, tanto a investigadores internos como externos, que cubren todos los aspectos de investigación relacionados con datos clínicos y biológicos. Esto incluye el diseño de experimentos y el análisis de datos de microarrays y secuenciación de nueva generación (NGS, Next-Generation Sequencing), consultoría estadística, integración, interpretación y notificación de datos, así como desarrollo de software y gestión de datos.

Servicios

La Unidad ofrece además talleres de formación en diferentes temas relacionados con la bioinformática, como el uso del entorno Linux, el uso de recursos de supercomputación, el lenguaje de programación R, el trabajo con contenedores, mejores prácticas, etc., además de la supervisión de estudiantes.

Servicios generales: - Análisis de datos, incluyendo consultoría sobre diseño de experimentos y selección del flujo de trabajo y de las herramientas apropiadas, visualizaciones de datos y generación de informes. - Análisis personalizados y desarrollo de software a medida. - Gestión de datos y transferencia/envío desde/a instituciones públicas de conservación de grandes volúmenes de datos (GEO, SRA, EGA). - Soporte para redacción de propuestas para becas y proyectos. - Supervisión de estudiantes, formación en bioinformática.

Genómica:

• Genotipado e identificación de variantes de arrays de secuenciación del exoma completo (WES), secuenciación del genoma completo, WGS, secuenciación de amplicones y microarrays SNP.

Transcriptómica:

• Análisis de expresión diferencial de secuenciación de ARN (RNA-Seq) (polyA, totalRNA) y micro-ARN, microarrays de ARNm, predicción de dianas.
• Análisis de empalmes alternativos mediante secuenciación de ARN.
• Identificación de variantes (por ejemplo, edición de ARN) mediante secuenciación de ARN.

Epigenómica:

• Análisis de metilación de ADN en 5mC y 5hmC mediante microarray (450K, EPIC, ratón) o NGS (secuenciación con bisulfito del genoma completo (WGBS), secuenciación con bisulfito de reducida representación (RRBS))
• Análisis de cromatina mediante secuenciación ChIP, secuenciación de DNAsa, secuenciación ATAC.

Epitranscriptómica:

• Análisis de unión de proteínas a ARN mediante secuenciación CLIP (unión y predicción de motivo)