El genoma és un lloc complex. Conté totes les instruccions per mantenir una cèl·lula en funcionament... i no és poca cosa: amb més de 20.000 gens i al voltant de 80.000 proteïnes, la regulació no és una tasca fàcil. Hi ha moltes capes reguladores, des de la unió de proteïnes a regions específiques fins a l'establiment de marques epigenètiques transitòries sobre l'ADN o les histones, per esmentar-ne només algunes. Per fer-ho encara més difícil -per als que ho vulguin entendre- sovint molts senyals reguladors cooperen al mateix lloc.

Les tecnologies òmiques modernes ens permeten identificar totes aquestes característiques i crear enormes bases de dades del que els investigadors anomenen conjunts de regions: llistes de regions genòmiques localitzades amb precisió que contenen una característica particular, com tots els llocs on s'uneix una proteïna específica, o tots els punts metilats a l'ADN. Sempre que dues o més d'aquestes característiques apareixen al mateix lloc, correspon a la comunitat investigadora determinar-ne la importància biològica.

La col·localització, però, és un tema delicat. Donada la complexitat del genoma i la gran quantitat de regions detectades a la majoria dels experiments genòmics, necessitem una manera de saber si el que observem és significatiu o simple casualitat. RegioneR es va desenvolupar originalment per resoldre aquesta pregunta i ho fa, simplificant, barrejant les posicions d'un conjunt de dades i comparant-ho amb un altre, milers de vegades. Amb aquest truc i els mètodes estadístics adequats, es pot determinar si l’associació és forta o simplement una coincidència. Des del seu llançament el 2016, regioneR ha estat àmpliament utilitzat pels investigadors i citat en diversos estudis publicats.

El desavantatge de RegioneR és que només pot fer coincidir parells de conjunts de dades. Ara, l'equip dirigit pel Dr. Marcus Buschbeck](https://www.carrerasresearch.org/ca/recerca/cromatina-metabolisme-i-destinacio-cellular) i encapçalat pel [Dr. Roberto Malinverni, exmembre del laboratori, el Dr. David Corujo, investigador postdoctoral sènior, i el Dr. Bernat Gel, membre de l'IGTP, presenta RegioneReloaded, un nou programari capaç de comparar múltiples conjunts de dades alhora.

Aquest paquet nou conserva i amplia la versatilitat de regioneR per abordar moltes qüestions biològiques diferents i serà una eina valuosa per a la comunitat de recerca de l'anàlisi del genoma. RegioneReloaded s’ha publicat recentment a la important revista Bioinformatics i està disponible gratuïtament en línia a Bioconductor, el repositori de codi obert de referència per a paquets bioinformàtics en R.

A la publicació, l'equip descriu les noves característiques de l'eina i demostra el seu ús utilitzant conjunts de dades ben caracteritzats. El pas següent és aplicar-lo a noves preguntes de recerca per començar a extreure informació sobre com múltiples elements genòmics cooperen físicament a l'ADN per atorgar les funcions cel·lulars bàsiques. Aquesta comprensió és essencial per aprendre la manera com una cèl·lula organitza els seus programes genètics i comprendre què funciona malament en malalties com el càncer, cosa que pot mostrar als investigadors noves formes de curar-lo.