Biografía

Hice mi doctorado en Bioinformática en Barcelona (2013), con Ana María Rojas, donde estudié cómo las mutaciones asociadas a diferentes enfermedades tienen también diferentes propiedades moleculares. Después, me trasladé a San Diego, Estados Unidos, para unirme al laboratorio de Adam Godzik (2013-2017). Allí, centré mi investigación inicial en la identificación de regiones de proteínas conductoras del cáncer. Desarrollé e-Driver, un algoritmo que encuentra regiones de proteínas (dominios o interfaces de interacción) enriquecidas en mutaciones somáticas del cáncer. Utilizando datos del Atlas del Genoma del Cáncer encontré nuevas regiones que no se habían relacionado antes con el cáncer. Mis resultados también aportaron nuevos conocimientos sobre genes cancerígenos bien establecidos, como el TP53 o el EGFR. También aplicamos este análisis de subgenes para identificar nuevos biomarcadores farmacológicos. Analicé los datos de la Enciclopedia de Líneas Celulares de Cáncer (CCLE) y descubrí 405 dominios proteicos asociados a diferencias en la sensibilidad a los fármacos. Como resultado, creamos una empresa derivada, Genrix, cuyo objetivo era ayudar a las compañías farmacéuticas a encontrar biomarcadores para sus candidatos. También he trabajado en inmunología del cáncer. Ahora es evidente que las células cancerosas necesitan evitar el sistema inmunitario para sobrevivir, y las terapias dirigidas a restaurar la respuesta inmunitaria contra las células cancerosas están transformando el panorama de las terapias de una manera inimaginable hace sólo unos años. Descubrí más de 100 regiones proteicas que, cuando mutan, se correlacionan con la presencia de linfocitos en el microentorno tumoral. Estos resultados, así como el algoritmo, son utilizados actualmente por científicos de Regeneron, una empresa biotecnológica que emplea a más de 5.500 personas para sus propios proyectos. Este último ejemplo pone de relieve los valores fundamentales de mi investigación: integridad ética y científica, maximizar su impacto en la sociedad y colaborar con otros actores para lograr un objetivo mayor. Como ejemplo de ello, para garantizar la transparencia y reproducibilidad de mi investigación, todos los algoritmos que he creado se publican en mi cuenta de Github. Esto también ayuda a maximizar su impacto, ya que pueden ser utilizados por otros investigadores para sus propios proyectos. Otro ejemplo es mi reciente papel como analista principal del proyecto TCGA PanCancer Atlas. Este consorcio reunió a más de 1000 científicos de más de 20 países para analizar conjuntamente todo el conjunto de datos del TCGA. Como miembro de los grupos de trabajo de procesos oncogénicos, genes impulsores y análisis de paninmunidad, tuve la oportunidad y el privilegio de aportar mi experiencia a esta comunidad y ayudar a descubrir nuevos subtipos de respuestas inmunes al cáncer, ampliar el catálogo de genes impulsores del cáncer y cómo las variaciones de la línea germinal predisponen a diferentes tipos de cáncer. Entre 2017 y 2019 trabajé con Alfonso Valencia en el Barcelona Supercomputing Center. Allí, centré mis esfuerzos en la integración de múltiples tipos de datos ómicos para entender cómo contribuyen a la oncogénesis juntos, en lugar de individualmente. Esto me valió para obtener una beca de Junior Leader de La Caixa que actualmente me financia a mí y a un estudiante de doctorado. Desde enero de 2020 soy Junior Group Leader del laboratorio de Inmunogenómica del Cáncer en el Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras. Actualmente estamos desarrollando herramientas para integrar datos de transcriptómica unicelular y espacial de tumores con cohortes caracterizadas con tecnologías de genómica masiva.